| 英文名 | Aquatic Bioinformatics | |
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| 科目概要 | 環境生物学専門分野（修士課程）1～2年次2023年度後期、講義、２単位(30時間) | |
| 必要授業 時間外学習 | 60時間 | |
| 担当者 | ●小檜山 篤志（環境生物学 環境微生物学） kobiyama@kitasato-u.ac.jp 林﨑 健一（環境生物学 魚類生態学） ken-ichi@kitasato-u.ac.jp 難波 信由※（ 環境生物学 水圏植物学） nanba@kitasato-u.ac.jp 広瀬 雅人（環境生物学 海洋無脊椎動物学） mhirose@kitasato-u.ac.jp | |
水圏には多種多様な生物が存在し、それらは常に周囲の環境や他生物との相互関係を保ちながら複雑なシステムを形成している。それらの生物を資源として利用する際には、環境と生物の関係や個体群の成り立ちと動態、生態系における位置づけなどを把握しなければならない。そのために必要な情報には、定量的、定性的さまざまな質の異なるものが含まれるが、目的に応じた情報収集とその解析方法が重要となる。また、コンピュータの処理能力および分析技術の向上によって生体に関する多くの情報を得ることが可能となっており、生物を詳細に理解するためにはそれら情報を用いた解析も必要とされる。そこで本講義では、生物を幅広く理解するための情報の取得方法や解析方法等に関する理解を促す。
1. 講義の概説
2〜14. 情報の収集と解析
15. 自己点検
| 種別 | 書名 | 著者・編者 | 発行所 | 値段(円) |
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| 教科書 | なし | |||
| 参考書 | 生物の種多様性 | 岩槻邦男・馬渡峻輔 編 | 裳華房 | |
| 参考書 | 流域環境評価と安定同位体 | 永田 俊・宮島利宏 編 | 京都大学学術出版会 | |
| 参考書 | Biology of Fishes | C. E. Bond ed. | Saunders College Publishing | |
| 参考書 | Molecular Evolution and Phylogenetics | M. Nei and S. Kumer | Oxford University Press |
| 内容 |
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| 1. 水圏生物資源の持続的利用のために必要な情報の種類と質について説明できる。 |
| 2. 水圏生物に関する情報の収集方法と解析方法について説明できる。 |
| 3. 得られた結果の精度を評価することが出来る。 |
| 4. |
成果物やレポート [100%]
評価基準：成果物やレポート内容にもとづいて採点を行う。
フィードバックの方法：レポート返却時等に講評・解説を行う。
PPT、写真やビデオなどの様々な資料を用いて講義を進めます。
オフィスアワーは特に設けません。質問等はメールでも受け付けます。
【予習】
シラバスを参考に、データの取得や解析の方法、統計解析ソフトの使い方等に関して予習を行う。
【復習】
講義内容をもとに、データの取得や解析の方法に、統計解析ソフトを用いた計算に関して復習する。
| 回 | 実施項目 | 学習内容と学習課題 |
|---|---|---|
| 1回 | 講義の概要の説明（主担当：全教員） | 本講義の目的や内容、進め方など |
| 2回 | 情報の収集と解析（主担当：林崎） | R入門、データ解析とモデル |
| 3回 | 情報の収集と解析（主担当：林崎） | 集団遺伝解析 |
| 4回 | 情報の収集と解析（主担当：林崎） | 食物連鎖と物質循環 |
| 5回 | 情報の収集と解析（主担当：難波） | 海洋環境の測定と解析 |
| 6回 | 情報の収集と解析（主担当：難波） | 水質の測定と解析 |
| 7回 | 情報の収集と解析（主担当：難波） | 水圏植物の生長、生残、再生産の測定と解析 |
| 8回 | 情報の収集と解析（主担当：廣瀬） | 生物の分類と命名規約 |
| 9回 | 情報の収集と解析（主担当：廣瀬） | 分類形質と形質の重みづけ |
| 10回 | 情報の収集と解析（主担当：廣瀬） | マトリクスとクラスター解析 |
| 11回 | 情報の収集と解析（主担当：廣瀬） | DNA情報にもとづく系統解析 |
| 12回 | 情報の収集と解析（主担当：小檜山） | DNAおよびタンパク質情報の収集 |
| 13回 | 情報の収集と解析（主担当：小檜山） | データベースの利用 |
| 14回 | 情報の収集と解析（主担当：小檜山） | 網羅的解析 |
| 15回 | 自己点検授業（主担当：全担当教員） | レポートの返却と問題の解説 |